Evidencia arqueológica indica que su cultura data desde hace 2500 años atrás. Aproximadamente entre los siglos XV y IV adC, tuvo lugar el primer desarrollo urbano importante de la cultura zapoteca, con centro en San José Mogote. Hacia el año 800 a.C., durante el horizonte Preclásico, los zapotecos se establecieron en los valles centrales del actual estado de Oaxaca. Así, mientras Teotihuacan florecía en el centro de México y las ciudades mayas en el sureste, Monte Albán, centro ceremonial construido en lo alto de un cerro, era la ciudad más importante de la región oaxaqueña.
Los primeros zapotecas eran sedentarios, vivían en asentamientos agrícolas, que adoraban un panteón de dioses encabezados por el dios de la lluvia, Cocijo -representado por un símbolo de la fertilidad que combinaba los símbolos de la tierra-jaguar y del cielo-serpiente, símbolos comunes en las culturas mesoamericanas. Una jerarquía de sacerdotes regulaba los ritos religiosos, que a veces incluyeron sacrificios humanos. Los zapotecas adoraban a sus antepasados y, creyendo en un mundo paradisíaco, desarrollaron el culto a los muertos. Ellos tenían un gran centro religioso en Mitla y una magnífica ciudad en Monte Albán, donde prosperó una civilización altamente desarrollada, posiblemente hace más de 2000 años. En el arte, la arquitectura, la escritura (jeroglíficos), las matemáticas, y la astrología (calendarios), los zapotecas parecen haber tenido afinidades culturales con los Olmecas, los antiguos mayas, y más adelante con los Toltecas.


Ellos dejaron evidencias arqueológicas en la antigua ciudad de Monte Albán; en forma de edificios, estadios para el juego de pelota, de tumbas magníficas y de valiosas mercancías, incluyendo la joyería finamente trabajada en oro. Monte Albán era la primera ciudad principal en el hemisferio occidental y el centro de un estado zapoteca que dominó una gran parte de lo que ahora conocemos como el estado actual de Oaxaca.

Los zapotecas desarrollaron una agricultura muy variada que a principios del periodo clásico daba sustento a numerosas aldeas. Para tener buenas cosechas rendían culto al sol, la lluvia, la tierra y el maíz.

Las mujeres y hombres del pueblo, que vivían en las aldeas, estaban obligados a entregar como tributo: maíz, guajolotes, miel y frijol. Además de agricultores los zapotecos destacaron como tejedores y alfareros. Son famosas las urnas funerarias zapotecas que eran vasijas de barro que se colocaban en las tumbas. Los zapotecos alcanzaron un elevado nivel cultural y fueron, junto con los mayas, el único pueblo de la época que desarrolló un sistema completo de escritura. Por medio de jeroglíficos y otros símbolos grabados en piedra o pintados en los edificios y tumbas, combinan la representación de ideas y sonidos.

Las grandes ciudades que construyeron los pueblos agrícolas de Mesoamérica, crecieron y estuvieron habitadas durante varios siglos. Sin embargo, entre los años 700 y 800 d.C., casi todas ellas fueron abandonadas. Primero, en Teotihuacan, después en la zona maya y luego en Monte Albán. A pesar de eso, florecieron nuevos centros ceremoniales como Cacaxtla y El Tajín. Durante este periodo también subsistieron señoríos avanzados en el Altiplano, como los de Cholula y Xochicalco; y en los estados de Guerrero, Michoacán, Colima, Jalisco, Nayarit, Sinaloa, Guanajuato, Aguascalientes y Querétaro, se desarrollaron las culturas de Occidente.
Monte Albán dominó los valles hasta fines del periodo Clásico y, al igual que otras ciudades mesoamericanas, entre los años 700 y 1200 d.C. terminó su esplendor; pese a ello, la cultura zapoteca continuó en los valles de Oaxaca, Tabasco y Veracruz.

Viniendo del norte, los mixtecas (a los cuales no les gustaba el viaje por que le daba mala espina) sustituyeron a los zapotecas en Monte Albán y posteriormente en Mitla; los zapotecas capturaron Tehuantepec de los zoques y los huaves del Golfo de Tehuantepec. Para la mitad de siglo XV, los zapotecas y mixtecas lucharon para evitar que los aztecas ganaran el control de las rutas comerciales hacia Chiapas, Veracruz y Guatemala. Bajo el mando de su gran rey, Cosijoeza, los zapotecas soportaron un largo sitio en la montaña rocosa de Guiengola, manteniendo la vista sobre Tehuantepec, y manteniendo con éxito la autonomía política mediante una alianza con los aztecas hasta la llegada de los españoles.
Religión

Las Zapotecas fueron politeísta y a menudo tuvieron sacrificios humanos. Su dio principal fueron Xipe Totec. Otros dios incluyeron Cosijo (dio de lluvia) y Pitacosobi (dio de maíz). Su cuento de creación humano dijo que sus antepasados surgieron de la tierra, las cuevas o transformaron de árboles o jaguares en humanos. Los gobernantes vinieron de seres sobrenaturales de las nubles. Cuando murieron, los gobernantes volvieron allí. Hoy, la nombre de las zapotecas refleja esta creencia: Be’ena’Za’a? o las personas nubles.

Mural de Cacaxtla
	En su religión su dios más importante fue Pije Tao, el segundo era Pitao Cozijo, dios de la lluvia. Los demás eran: Pitao Cozobi: dios de la agricultura y el maíz Quetzalcóatl: dios del Sol Murciélago: dios de la agricultura Bezelao: diosa de la fertilidad Jipe Totec: dios joyero Copijza: dios providencia

Tecnología/Cultura

Tuvieron dos calendarios: Solar: tenía 365 días agrupados en 18 meses (utilizado para las cosechas) Pije: tenía 260 días repartidos en 13 meses (utilizado para ponerle nombre a los recién nacidos)
*Una sistema de escritura que precedió las Mayas y las Aztecas.
*Apuntaron eventos principales en su historia con jeroglíficos.
*Decoraron la tumbas de sus antepasados.
*Diseñaron joyas intricado de oro – a menudo crearon joyas para gobernantes Aztecas .
El juego de pelota: Las reglas son desconocido, pero usaron una pelota de caucho y fue semejante a voleibol o raquetbol. A veces usaron la pista para rituales y sacrificio humano.
Guerra
No desearon enfrentar los españoles porque vieron la destrucción de las Aztecas. Sin embargo, los españoles vinieron de todos modos. Los españoles derrotaron las Zapotecas después de varias batallas entre 1522 y 1527.

Los Zapotecas Hoy

Hay un población entre 300,000 y 400,000. La mayoría es católica, pero muchos ciudadanos practican algunas creencias y rituals. Por ejemplo, entierran los muertos con objetos de valor. Un hecho interesante, es que un zapoteca más famoso es Benito Juárez quién muchas personas consideran el presidente el más grande de México.